南京解放后的近50年中，總統(tǒng)府一直作為機關(guān)的辦公場所。自20世紀80年代以來，機關(guān)單位陸續(xù)搬遷，并于1998年在總統(tǒng)府舊址之上，開始籌建南京中國近代史遺址博物館。經(jīng)過精心的規(guī)劃和五年的建設，至2003年已初具規(guī)模。目前，博物館總占地面積為9萬平方米，共分三個參觀區(qū)域。中區(qū)（中軸線）主要是國民政府、總統(tǒng)府及所屬機構(gòu)；西區(qū)是孫中山的臨時大總統(tǒng)辦公室、秘書處和西花園，以及參謀本部等；東區(qū)主要是行政院舊址、馬廄和東花園。一系列展館和史料陳列，則分布在這三個區(qū)域中。 

  今天，總統(tǒng)府正以諸多保存完好的近代中西建筑遺存，國內(nèi)獨一無二且厚重的歷史文化氛圍，珍貴的文物和史料，風景優(yōu)美的自然環(huán)境，以及近30000平方米的休閑服務區(qū)，熱情地歡迎來自全國和海內(nèi)外的佳賓。