琿春出口加工區(qū)于 2000年4月27日經(jīng)國務院以國辦函[2000]37號文件正式批準設立了吉林琿春出口加工區(qū)，是國務院首批設立的全國15個出口加工區(qū)之一，也是全國14個沿邊開放城市中獲得批準的一家。國務院設立出口加工區(qū)實行“境內(nèi)關外”管理模式旨在加強與完善加工貿(mào)易管理，規(guī)范海關對出口加工區(qū)的監(jiān)管，促進出口加工區(qū)的健康發(fā)展，鼓勵外貿(mào)出口。出口加工區(qū)是經(jīng)國家批準設立，由海關監(jiān)管的特殊封閉區(qū)域。貨物從境內(nèi)區(qū)外進出加工區(qū)視同進口和出口，海關按進出口貨物進行監(jiān)管。出口加工區(qū)的功能比較專一，主要是開展出口加工業(yè)務，區(qū)內(nèi)企業(yè)生產(chǎn)的最終產(chǎn)品，應基本上都是直接出口的。
    根據(jù)延州發(fā)[2000]32文規(guī)定，琿春出口加工區(qū)管理委員會，本著精干、高效的原則，在琿春邊境經(jīng)濟合作區(qū)加掛琿春出口加工區(qū)管理委員會的牌子，一套牌子，兩塊牌子，代表市政府對加工區(qū)經(jīng)濟和行政事務實行統(tǒng)一領導和管理。出口加工區(qū)管委會主任由合作區(qū)管委會主任兼任�，q春出口加工區(qū)管理委員會依照國家法律、法規(guī)對出口加工區(qū)的規(guī)劃、建設、發(fā)展等行政、經(jīng)濟各項事務實施管理。下設出口加工區(qū)管理局。出口加工區(qū)管理局是出口加工區(qū)的職能工作部門，主要負責出口加工區(qū)內(nèi)的行政管理、業(yè)務管理、招商引資和綜合協(xié)調(diào)工作，是正科級建制。
2008年加工區(qū)內(nèi)注冊企業(yè)數(shù)44戶，完成進出口總額11345萬美元（其中：進口5116萬美元，出口6018萬美元），同比增長224%。
    經(jīng)濟發(fā)展科：
1 負責編制經(jīng)濟發(fā)展規(guī)劃和產(chǎn)業(yè)發(fā)展規(guī)劃，經(jīng)批準后組織實施。
2 負責招商引資工作。篩選推出重點招商項目，參與項目洽談，提供政策咨詢。
3 負責進區(qū)項目的會審及審批。
4 根據(jù)上級有關部門的授權，負責進區(qū)內(nèi)企業(yè)的進出口經(jīng)營范圍的審批及報批。
5 負責進出口設備、貨物、物品及區(qū)內(nèi)企業(yè)加工產(chǎn)品內(nèi)銷的審批及廢品銷毀審批。
6 負責區(qū)內(nèi)企業(yè)的投資跟蹤服務工作。
    投資促進科：
1 負責全程為投資企業(yè)領辦、代辦項目相關審批手續(xù)。
2 負責客商咨詢工作，向客商介紹、說明投資審批所須前置要建的基本要求。
3 負責區(qū)內(nèi)各企業(yè)統(tǒng)計資料的匯總，并上報有關部門。
4 負責區(qū)內(nèi)企業(yè)的經(jīng)營跟蹤服務及安全工作生產(chǎn)。
    綜合管理科
1 根據(jù)海關總署《關于對出口加工區(qū)管理委員會權利、義務和責任的規(guī)定(討論稿)》制定具體管理措施。
2 負責對區(qū)內(nèi)企業(yè)進行國家法律、法規(guī)和有關規(guī)定的宣傳教育。
3 根據(jù)國家有關政策對出口加工區(qū)實施行政管理。配合、支持海關監(jiān)管和檢驗檢疫工作，協(xié)調(diào)區(qū)內(nèi)各方關系。
4 負責對外宣傳工作。定期向管委會和上級有關部門報送信息負  責編寫出口加工區(qū)動態(tài)。
5 負責全局的黨務和全團工作以及文秘、檔案、后勤管理工作。
    安檢中隊
1 負責區(qū)內(nèi)公共建設設施管理和綠化工作，做好區(qū)內(nèi)企業(yè)的物業(yè)管理。
2 配合公安、消防部門做好社會治安、安全防火等工作 。
3 配合海關做好車輛、貨物、人員進出卡口的檢驗 、放驗工作，并做好登記備案工作。